ИСС развива сътрудничеството с научни и образователни институти, финансови институти, младежки организации и други със сходни интереси и възможности за партньорски инициативи и дейности.
Сътрудничеството между ИСС и Бургаския свободен университет е подписано от председателя на Съвета Зорница Русинова и ректора на висшето училище д-р Милен Балтов на през 2022 г. Партньорството се развива в областта на съвместни проучвания и анализи, общи инициативи и подпомагане качеството на образование.
През 2023 г. Икономическият и социален съвет на Република България и Софийският университет „Св. Климент Охридски“ подписаха меморандум за сътрудничество. Амбицията е партньорството между двете институции да става все по-интензивна и да подпомогне за качеството на обучението на студенти и докторанти в университета чрез организиране на публични лекции, дискусии и други инициативи от съвместен интерес. Предвидено е и партньорство за осъществяване на проучвания и изследвания в областта на икономиката и управлението, необходими при подготовка на актове на Съвета.
Двустранният документ беше подписан от проф. д-р Евгени Станимиров, ректор на ИУ – Варна, и председателят на ИСС Зорница Русинова. На събитието присъстваха представители на академичната общност, зам.-председатели и членове на Съвета, студенти и журналисти. Председателят на ИСС разясни пред аудиторията ролята на ИСС в социалния и икономически живот на страната и неговата значимост като експертиза и „глас на гражданското общество“.
ВУЗФ и ИСС работят заедно в подкрепа на качеството на обучението на студенти и докторанти във ВУЗФ и ще си партнират при организирането и домакинството на различни събития, като конференции, семинари и кръгли маси, които ще позволят обмен на идеи и знания между учени, студенти, политици и представители на бизнеса. Тези събития ще служат като платформи за дискусия на важни икономически и управленски теми и ще стимулират генерирането на нови идеи.
През юни 2024 г. Икономическият и социален съвет на Република България и Университет „Проф. д-р Асен Златаров“ в Бургас подписаха меморандум, с който се ангажират със съвместни действия в полза на работата на съвета и обучението на студентите във висшето училище.
През 2024 г. Икономическият и социален съвет и Минно-геоложки университет „Св. Иван Рилски“ подписаха меморандум, с който се ангажират със съвместни действия в полза на работата на съвета и обучението на студентите във висшето училище. Според меморандума двете страни ще работят съвместно за подпомагане на качеството на обучението на студенти и докторанти в МГУ чрез организиране на публични лекции и дискусии, както и ще организират други подходящи инициативи.
ИСС и УНСС предподписаха досега съществуващото си сътрудничество по съвместни дейности по време на Пленарна сесия на ИСС. Меморандумът цели да подобри шансовете за кариерно развитие на студентите от УНСС, да подпомогне качеството на обучението, провеждането на научни появи, осъществяването на проучвания и съвместни научни изследвания в областта на икономиката и управлението и др., които са бъдат използвани за целите на работата на ИСС при разработването на анализи, становища и резолюции.
През 2023 г. председателят на БАН акад. Юлиан Ревалски и председателят на ИСС Зорница Русинова подписаха двустранен меморандум за сътрудничество и на Тържественото събрание на БАН по случай 154-та годишнина от създаването му се отбеляза сътрудничеството между двете институции. През 2025 г. беше подписано и споразумение с директора на Института за икономически изследвания при БАН проф. Ирена Зарева-Зафирова. Партньорството е насочено към задълбочаване на съществуващото с участието на експерти от Института, които допринасят значително със своя научен потенциал при подготовка на актовете на Съвета.
През септември 2024 г. Икономическият и социален съвет и Националният младежки форум сключиха меморандум за сътрудничество в областта на младежката политика. Двете организации работят по инициативи, насочени към повишаване на ангажираността на младите хора и насърчаване на доброволчеството, ще обменят информация за успешни модели на младежко участие и ще работят заедно за популяризирането им. Една от ключовите цели на партньорството е да се засили гласът на младите хора в институциите и да се отчитат техните нужди и интереси, както и да се гарантира по-добра информираност на обществото по въпросите, свързани с младежката политика.
Председателят на ИСС Зорница Русинова и представителят на УНИЦЕФ в България Кристина де Бройн подписаха меморандум за разбирателство и сътрудничество. ИСС и Детският фонд на Организацията на обединените нации (УНИЦЕФ) ще сътрудничат като обменят публикации, доклади, становища, анализи и документи, подготвени от тях. Партньорството регламентира и съвместни дейности при извършването на проучвания и доклади и организиране на работни срещи и събития по въпроси от общ интерес. Част от темите, по които консултативният орган и международната организация могат да работят съвместно са неравенствата в социалната и образователната сфера и тяхното преодоляване, подкрепата на уязвими групи, сред които децата в бедност, възрастните хора, хората с увреждания и други.
